Verbesserung der Pathogendetektion im Blut

Die aktuellen klinischen Richtlinien zur Behandlung von schwerer Sepsis fordern eine möglichst frühzeitige antibiotische Therapie, da gezeigt wurde, dass diese die Überlebenschance signifikant erhöht, sowie eine Identifikation der an der Infektion beteiligten Pathogene mittels mikrobiologischer Methoden. Da Ergebnisse für Blutkulturen erst nach mehreren Tagen vorliegen, erfolgt initial eine Behandlung mit Breitbandantibiotika, was zur Selektion multiresistenter Pathogene führen kann. Die Blutkultur kann weiters durch eine zum Zeitpunkt der Probenahme bereits begonnene antibiotische Therapie beeinträchtigt werden bzw. im Fall schwierig zu kultivierender oder intrazellulärer Pathogene zu nicht eindeutigen Resultaten führen. Molekulardiagnostische Verfahren liefern Ergebnisse innerhalb weniger Stunden und sind kompatibel mit gleichzeitiger Antibiotikatherapie, können jedoch durch bestimmte Komponenten der Probenmatrix inhibiert werden. Next generation sequencing (NGS), ein weiteres molekulardiagnostisches Verfahren zur Identifikation von Pathogenen, erlaubt die Analyse des gesamten Pathogen- und Resistenzspektrums, erfordert aber eine effiziente Anreicherung der Pathogen-DNA gegenüber der Wirts-DNA sowie leistungsfähige bioinformatische Verfahren zur Analyse der Daten. Mit diesem Projekt soll die Detektion von Pathogenen im Blut maßgeblich verbessert und weiterentwickelt werden. Ziele sind die Bestimmung der Persistenz von Pathogen-DNA im Blutstrom nach erfolgreicher Behandlung der Infektion, die Identifikation von Matrixkomponenten, die molekulardiagnostische Verfahren inhibieren können, die Identifikation von Markern, die auf Vorhandensein von Pathogenen in der Zirkulation hinweisen, die Verfolgung der Entwicklung von Resistenzen auf genomischer Ebene sowie eine proof-of-principle für den Pathogennachweis direkt aus Blutproben mittels NGS.